Hoenn apresenta os mais diversos ambientes, que vão de florestas tropicais a desertos. No entanto, sua principal característica é a abundância de água. Existem várias ilhas que podem ser acessadas através de rotas marítimas, muitas delas são profundas o suficiente para mergulhar.
A região é mais quente que Kanto, Johto, Sinnoh e Unova. Devido ao clima principalmente tropical, muitas das espécies encontradas em Hoenn possuem uma aparência exótica quando comparada com os Pokémons de Kanto ou Johto.
O interior da região é mais arborizado e montanhoso, as cidades mais notáveis são encontradas no litoral. Grande parte da região é coberta por água, rios e mares têm praticamente o mesmo tamanho que a ilha principal, reafirmando o tema do jogo. Pessoas que vivem em áreas montanhosas tiveram que se adaptar ao ambiente hostil. Um exemplo extremo disto é Fortree City, onde os moradores vivem em casas de árvores. Isto está em contraste gritante com outras regiões do Mundo Pokémon, como observado por Ruby em Pokémon Adventures.
Hoenn tem dois vulcões: um ativo e um inativo. Monte Chimney, o vulcão ativo, localiza-se no centro da região de Hoenn, e suas cinzas caem sobre as cidades e rotas mais próximas. No lado oposto da região, localiza-se o vulcão adormecido, onde Sootopolis City foi construída.
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